Dúvidas com funções em Javascript ou JQuery

Normalmente escrevemos nossas funções em Javascript ou JQuery no asp.net ou um arquivo em uma pasta do projeto. Todo exemplo que eu vejo, as chamadas são diretamente pelo próprio asp.net. A minha dúvida é: Como eu escrevo minhas funções em Javascript e chamo via codebehind? Tipo: Uma função para validar CPF/CNPJ no mesmo form e no mesmo Textbox, chamando via código, tipo OnExit do Textbox ou no gravar do botão.