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Forma correta na utilização de script em js no codeiginter

PHP
Din
|
MVP
Pontos: 45
    22 mar 2016

Tudo bem galera.
Tive uma dúvida e gostaria de compartilha-la com vocês.
Hoje utilizo o codeiginter + Bootstrap. Então em alguns momentos do meu projeto preciso utilizar algumas funcionalidades do bootstrap ligado ao js, como modal. Esse modal serve para exibir uma confirmação de sucesso (um insert de dados por exemplo)
Como vocês utilizam?
Eu estou fazendo um tamplete próprio... fatio o meu html
#Código

$this->load->view('header.php')
$this->load->view('body.php')
$this->load->view('footer.php')

Hoje, como o footer é "compartilhado" ele tem uma sequencia de variaveis que não são utilizadas, pois tenho que fazer algo genérico... ai fica dando aquele aviso de alerta chato....
Qual a melhor pratica, modelo...