Atualizar servidor de Aplicações sem Desconecta-lo

Pessoal,Estou desenvolvendo um sistema em Multicamadas(SOAP) e na maquina servidora, gero um executavel que se conecta ao banco de dados e o sistema cliente que acessa via SOAP o (servapp) .exe
Tenho um problema, toda vez que eu preciso criar consultas e mais coisas no servapp, preciso desconecta-lo , subistituir o .exe e executa-lo novamente para que os usuários possam trabalhar normalmente.
pergunta :
1) como posso melhorar para que o servapp nao se reinicie sempre.
2) estou fazendo errado?
3) tem uma outra melhor forma de ser feito isso?

Obrigado.
Anderson Willians