Autenticação Web Api

Amigos,

Estou criando uma aplicação WebApi para fazer a integração do meu sistema Web com um aplicativo de celular.
Ja tenho meu banco de dados com toda a estrutura para autenticação e autorização de usuários.
Preciso utilizar essa estrutura pra autenticar os usuarios pelo celular atraves de TOKEN.
Pesquisando na net encontrei exemplos de autenticação em WepApi, porem utilizando a propria estrutura dele, com Identity e etc.
Alguem poderia dar alguma dica de como fazer o processo de forma totalmente customizada?

Obrigado a todos!