Comunicação entre os sistemas Operacionais - Dualboot

Até que ponto a comunicação entre os sistema operacionais podem prejudicar um ou outro? pergunto isso pois me surgiu uma duvida, meu ponto de vista: O Linux Ubuntu acessa as partições do Windows(reconhece) basta clicar e pronto, eu vejo isso como uma "comunicação" mas o contrario não ocorre, estou correto?

Sobre a questão de virus e outros problemas, pode afetar os dois sistemas operacionais?