Criar UpDater Personalizado utilizando Mysql

Pessoal:

Este é meu segundo post sobre esta problemática ...
O meu objetivo era detarer sobre a solução de como estar implementando uma solução para atualizar base de dados de um aplicativo que ja esteja em funcionamento em empresas utilizando como banco de dados o <a class=inlineAdmedialink href=#>mysql</a>.
Hoje o que eu tenho sobre isto é um aplicativo que ao ser executado verifica se há uma nova versão do sistema em uma conta ftp, e caso haja, é questionado se o usuaior deseja obter esta nova versão e caso queira é iniciado o <a class=inlineAdmedialink href=#>download</a> do .exe da nova versão.
Porem, na maioria das vezes existem campos novos na base de dados(no caso Mysql) que então precisaria estar atualizando o banco juntamente com o novo .exe
A solução encontrada para o banco até então é disponibilizar juntamente com o novo .exe um script sql onde atualiza a base de dados, porem, pode ocorrer de o usuario não ter atualizado a versão 3.0 que continha determinado comando para criação de campos no bd e atuializou a versão 4.0 que ja sao outros campos, ou seja, o programa terá problemas.
Pensei em obrigar a atualização sempre houver uma, mas pode ocorrer de o usuairo ficar um determinado periodo de tempo sem acesso a internet e perder alguma atualização.
Portanto, identifiquei que a melhor saida para esta sistemática seria ter um tipo de comparer que iria comparar campo a campo de toda a base de dados sempre houvesse uma nova atualização.
E nesta parte não tenho ideias de como fazer isso.... e nem memso se seria realmente a melhor saida para esta sistemática.
Pessoal obrigado pela atenção e desculpem pelo texto longo é que estou tentando ser claro quanto ao problema...]
Obrigado.