Duvida iniciante - Sistema feito

galera, sou um iniciante em php, não entendo muito.
mas acabei de receber um sistema web feito em php pelo desenvolvedor, feito em codeigniter (nem sei o que é isso, tampouco).
bem, o sistema está funcionando direto, mas é só o esqueleto.
o que quero saber é aonde eu mudo o design em sistemas web feitos em php?

quero dizer que quero trocar umas labels, inserir um logo, alinhar à esquerda um formulário mas não consigo porque não consigo encontrar o lugar no sistema.

em sistemas asp e html é fácil, as páginas home, e de design são bem nítidas. mas em php, eu vou aonde? nos arquivos .css?

Uma outra questão, sei que já deveria está adiantado, o que me aconselham como curso?