Dúvidas de como fazer - Iniciante

Olá Pessoal,
Boa Tarde!

Gostaria de perguntar para os devs mais experientes como funciona segurança na aplicação web e se tiverem mais dicas para passar. Estou montando um sistema e quero bloquear o acesso direto as pastas e fazer outras alterações que sei que é essencial mas estou com duvida de como fazer. Percebo que em muitos sistemas vc só acessa a index e olhe lá e todo o resto o sistema passa o acesso pela URL dos diretorios e arquivos como exemplo abaixo.

http:\\\\dominio\\index.php?r=reserva/index

Alguem sabe como é possivel fazer isso ? Se tiverem alguma materia alguma coisa para dar uma luz e entender o funcionamento agradeço.