Firebird X DBExpress

Não.
Você vai fechar a transação somente com comitt ou rollback.
O applyupdates faz com que os registros que estiverem nas tabelas sendo manipuladas sejam consistidos, ou seja, gravados efetivamente no banco.
Porém, se este applyupdates estiver dentro de uma transação e voce não der commit, quando voce fechar a conexão os dados serão perdidos, mesmo que já tenham sido consistidos.

No caso eu utilizo dbexpress e não inicio transação manualmente não. Nesse caso o applyupdates é bastante? Pergunto isso por que estou com um banco que ao ser restaurado fica em torno de 30mb e no final do dia está com + - 130mb. Estava achando que fosse por causa de transações pendentes, mas não então.

Correto. Se você não iniciar uma transação manualmente, ao dar ApplyUpdates você salva permanentemente os dados no banco.

Quando vc chama o método AppyUpdates, os dados do ClientDataSet são enviados ao DataProvider, que envia ao MIDAS e o mesmo se encarrega de executar o parse (escrever as linhas de insert, update e delete) para fazer as alterações no BD. Internamente é aberta uma transação e se não houver nenhum erro a transação é comitada, caso contrário é feito o Rollback. É claro que isso só é válido quando vc não chama o método sem iniciar uma transação....