LINQ To XML

Pessoal, estou desenvolvendo um aplicativo para Windows Phone 7 e nele utilizo LINQ To XML (já que não tem SQL Server). Meu problema é o seguinte: Tenho um objeto XElement carregado a partir de um stream (IsolatedStorageFileStream), quando faço alguma alteração no XML através deste objeto (SetAtribute, por exemplo) e mando salvar (meuXElement.Save(stream)), ele está reescrevendo o conteúdo no final do arquivo sem substituir o conteúdo atual (está fazendo um append de todo o conteúdo). Exemplo:Inicialmente eu tenho<RAIZ> <ELEMENTO>valor</ELEMENTO></RAIZ>
Quando faço modifico o valor do ELEMENTO e salvo o XML pelo método Save(stream), ele faz o seguinte:<RAIZ> <ELEMENTO>valor</ELEMENTO></RAIZ><RAIZ> <ELEMENTO>NOVO VALOR</ELEMENTO></RAIZ>ao invés de substituir tudo.
Alguém tem alguma dica? 
Agradeço a atenção.