PHP no html ou somente .PHP

Rapaz, não tem uma CORRETA. Tem a MAIS ADEQUADA à sua necessidade. Depende do que você vai fazer, como vai fazer, a extensão do código PHP. Tem também a questão de "esconder" o código PHP e separar a lógica do visual.

mas, se eu colocar no html ele pode ser visto???

Não por que o que aparece no browser é o conteúdo renderizado, eu me refiro mais à questão de organização do projeto.

um exemplo, eu tenho um CRUD, é sempre bom deixar, adicionar.php, exlcuir.php, alterar.php separado dos outros arquivos???

Aí é outra história... EU, particularmente, não acho necessário dividir dessa forma.