problema com collation do mysql

Olá pessoal, estou em um projeto onde tenho a integração de duas bases de dados uma MS-SQLSERVER e outra no mysql, durante a importação de dados percebi que tenho problemas com collation nos bancos …
a aplicação legada usa sql server com collation Sql_Latim1_General_CP1_CI_AI que permite coisas como ter a tabela:

CREATE TABLE tblceunidade ( Cod_unidade varchar(4) PRIMARY KEY NOT NULL, Desc_unidade varchar(30) NOT NULL, Data_sinc_sige timestamp, Data_sinc_sigevendweb timestamp ) ; CREATE UNIQUE INDEX PRIMARY ON tblceunidade(Cod_unidade) ;
A Questão é no sql-server consigo inseri registros como : INSERT INTO tblceunidade (Cod_unidade,Desc_unidade,Data_sinc_sige,Data_sinc_sigevendweb) VALUES ('PC','PC',{ts '2011-02-02 17:19:44'},null); INSERT INTO tblceunidade (Cod_unidade,Desc_unidade,Data_sinc_sige,Data_sinc_sigevendweb) VALUES ('PC.','PC.',{ts '2011-02-02 17:19:44'},null); INSERT INTO tblceunidade (Cod_unidade,Desc_unidade,Data_sinc_sige,Data_sinc_sigevendweb) VALUES ('PCT','PCT',{ts '2011-02-02 17:19:44'},null); INSERT INTO tblceunidade (Cod_unidade,Desc_unidade,Data_sinc_sige,Data_sinc_sigevendweb) VALUES ('PÇ','PÇ',{ts '2011-02-02 17:19:44'},null);
ou seja o sql-server difere numa boa o PC de PÇ e insere os registros, já no my-sql da erro de chave primária, ele age como se PC = PÇ .
No mysql estou usando o collation Latin1_general_ci , que parecia ser mais compatível.. mas agora tive esse problema .
Alguém ai já passou por essa que collation usaram (no my-sql)?