Substituir arquivos do SO que estao em uso

Olah, pppessoal!

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eu tenho um programinha que pega na internet atualizações de si mesmo soh que estou tendo problemas pra fazer essa atualização. gostaria de saber se tem um jeito de eu programar no sistema operacional a troca desse arquivo (em qualquer windows) e se nao tiver jeito, qual a melhor maneira de fazer isso? Obrigado
André Tapxure