todas as tabelas em um único arquivo?

Não. E vejo como vantagem em alguns casos poder separar em locais diferentes índices, tabelas normais e tabelas com BLOBs, usando conceito de tablespace. Mas pq prefere q seja um arquivão só? Pois o q importa na minha opnião é o backup poder ser um arquivo só, onde isso acontece. Quem deve se preocupar com o(s) arquivo(s) da base dados é só o SGDB.

Bon Jovi, para aplicações comerciais realmente isso não é o importante, mas para, por exemplo, jogo isso é interessante, para que o arquivo do jogo salvo seja apenas um.