Tomcat e Aplicação web em jsp

Boa tarde,

Eu tenho uma aplicação web que roda em jsp, ela já vem com o tomcat instalado para que ela seja publicada, eu instalei um tomcat 7 independente para monitoramento e alterações na aplicação porém ele confita com o serviço da aplicação, para rodar o serviço do apache tomcat dentro dos serviços do windows eu tenho que parar o serviço da aplicação e assim no inverso.
Então queria saber se tem algum .dll ou arquivo que eu tenho que alterar, já copiei as pastas do tomcat que vem no sistema para o que eu instalei mas também sem sucesso,