Transmissão de aqruivo xml

Olá Pessoal, tenho um sistema que roda na matriz e na filial e diariamente tem que ter uma troca de dados. Estou fazendo esta troca de dados por arquivos xml onde existe um programa de ftp client . que se comunica com meu servidor de ftp, para a matriz se conectar , puxar e atualizar os aqruivos. o problema é

Quando os arquivos de xml são gerados fica certo, mas depois da transmissão eles estão chegando danificados em meu servidor, e com isto a matriz não consegue atualizar os dados.

Alguém saberia me dizer pq depois de uma trannsmissão de arquivo xml. os mesmos arquivos chegam danificados. os dados vem, mas a estrutura se perde completamente e não consigo utilizar os dados