CRUD Utilizando o Hibernate JPA

Bom dia, seguinte assisti as video aulas sobre Hibernate JPA, mas ainda não entendi o seguinte:

Nas videos aulas são feitos os inserts, update, delete, find, list etc..., mas com os valores setados estaticamente, gostaria de saber como fazer o CRUD sem precisar estar setando estes valores para serem persistidos no banco de dados. Tipo utilizando a linguagem SQL ou HQPL, fazendo com que fique dinâmico as consultas, inserções, deleções, atualizações, buscas por ID, por Nome etc...

Como exemplo uma aplicação WEB onde tenho alguns campos para serem preenchidos no banco como:

ID: gera o valor automático;
NOME;
ENDERECO.

E ainda como adotar boas práticas de organização de um projeto como:

beans;
daos;
entity, etc...

Sem mais agradeço pela atênção.

Atenciosamente,

Michel R. Martins