diferença entre arquivos FDB e GDB

GDB - Extensão de arquivo de banco de dados do Interbase
FDB - Extensão de arquivo de banco de dados do Firebird

A diferença entre GDB e FDB são basicamente essas, agora a diferença entre um banco e outro vai além, já envolve os recursos implementados em cada um.

eu uso firebird mas com arquivos .GDB. mesma coisa?

Não importa a extensão do arquivo e sim a versão do IB/FB na qual foi criado. Outra coisa, se vc está usando FB 1.5, evite usar a extensão GDB, principalmente se tiver usando Windows ME ou XP devido a um problema envolvendo essa extensão e essas versões do Windows

Na verdade é sempre bom mudar a extensão de .GDB pra .FDB ou .IB, a conexão abre bem mais rápido se você trocar, o motivo é porque o windows faz uma leitura completa de qualquer arquivo .GDB antes de permitir que algum aplicativo abra ele.

então posso ir lá e simplesmente renomear meu BANCO.GDB para BANCO.FDB. não vai perder nada? só alterar no IbDataBase depois?

isso mesmo