Help Galera, sobre programas em Java

Sou novo no ramo da programação, tenho uma boa noção em Orientação em Objetos e uma noção razoável sobre a linguagem java em si. Tudo o que eu sei até agora vem do livro do Sérgio Furgeri de Java 7 da editora Erica. Minha dúvida é como fazer um sistema completo e passar isso para o cliente ? Quero dizer assim, eu gero as classes e abro na IDE e executo, mas como fazer isso se tornar um programa que vai ser executado na máquina do cliente. E também, como fazer para encapsular tudo para que ninguém tenha acesso ao código fonte do mesmo, (só eu é claro) ?
Sei que é algo que eu devia aprender na faculdade e tals, eu faço Fatec e eles não falam nada disso. E eu tenho já tenho que fazer meu TCC e um amigo que eu penso em usar como cliente do meu TCC me pediu para fazer um programa de estoque básico. Blz, isso eu sei que consigo fazer, mas aí pediu que se possível o mesmo possa emitir nota fiscal (não sei fazer isso ainda, mas posso aprender). mas realmente minha dúvida é.. Como passar isso para o cliente, geralmente programas vc instala, como eu faço para o cliente instalar algo, sendo que a única coisa que eu sei são fazer classes e pacotes, alguém pode me dar uma direção nesse assunto, se é que alguém entendeu oq eu quis dizer aqui tb, rsrs.
Obrigado a todos