Pacotes ajudam ou atrapalham?

Ajudam e muito Marcos Paulo e é padrão.

Sim, a finalidade dos pacotes é a organização e ajudam e MUITO. Pense em um ERP que possui módulos de financeiro + rh + compras + almoxarifado e etc, se você colocar todas as classes juntas vai virar uma "salada de frutas", além disso você pode ter classes com o mesmo nome no financeiro e no compras e a divisão por pacotes permite que isso aconteça.

Pergunta simples demais essa minha, mas queria realmente esclarecer, ter uma ideia mais ampla, essa organização é fundamental. valeu pessoal.

Sim meu caro, fundamental mesmo. Imagine os Sistemas Operacionais (Linux, Windows e etc) sem organização de pastas, você se perderia muito fácil.

Verdade, seria uma bagunça e ficaria impossivel conseguir resolver problemas simples.