Determinando se o arquivo é um arquivo oculto
Veja nesta dica como descobrir se o arquivo é definido como um arquivo oculto.
JFileChooser chooser = new JFileChooser();// Cria uma instância file de um arquivo
File file = new File("c:\\Program Files");
// (este arquivo não é oculto)
file = new File("c:\\IO.SYS");
// (este é um arquivo oculto)// Verifica se o arquivo é oculto
boolean isHidden = chooser.getFileSystemView().isHiddenFile(file);
