Determinando se o arquivo é um arquivo oculto
Veja nesta dica como descobrir se o arquivo é definido como um arquivo oculto.
JFileChooser chooser = new JFileChooser(); // Cria uma instância file de um arquivoFile file = new File("c:\\Program Files");
// (este arquivo não é oculto) file = new File("c:\\IO.SYS");
// (este é um arquivo oculto) // Verifica se o arquivo é oculto
boolean isHidden = chooser.getFileSystemView().isHiddenFile(file);