Determinando se o arquivo é um arquivo oculto

 

Veja nesta dica como descobrir se o arquivo é definido como um arquivo oculto. 

    JFileChooser chooser = new JFileChooser();        // Cria uma instância file de um arquivo
    File file = new File("c:\\Program Files");
    // (este arquivo não é oculto)        file = new File("c:\\IO.SYS");
    // (este é um arquivo oculto)        // Verifica se o arquivo é oculto
    boolean isHidden = chooser.getFileSystemView().isHiddenFile(file);