Sistema Multi Empresa PHP MySQLi

Galera,

Estou desenvolvendo um sistema de localização de celulares e notebooks em PHP, mas que varias empresas vão poder usar.
Daí pensei em algo do tipo quando o administrador do sistema criar uma nova conta(login empresa), automaticamente será criado a área da nova empresa... essa empresa pode criar e controlar permissões de usuários na área dela.

Estou tentando fazer tudo no mesmo BD de forma automatizada e segura.

As tabelas por enquanto estão assim

Usuários (do sistema)
funcionarios (da empresa)
notebook
celular
manutencao
unidadesEmpresa
foraDasUnidades


A funcionalidade do sistema é controlar em qual unidade esta cada celular (são vários) e cada notebook (são vários), a quantidade depende do total de cadastros de equipamentos de cada empresa.

Quando um funcionário saí da empresa para trabalhar fora, obrigatoriamente leva um celular e um notebook. O sistema tem que informar em qual unidade o funcionário retirou os equipamentos e em qual unidade ele devolveu, com datas. Bem como mudar o status destes equipamentos para "Fora das Unidades".

Em relação a manutenção o sistema precisa informar a data de entrada e saída da manutenção, e os notebooks e celulares em manutenção devem ficar com o status de "Em Manutenção"

Já estou terminando toda a parte do Front End em HTML5 e PHP inicialmente estou utilizando PDO mas acho que já vou mudar para MySQLI para os acessos e ações no BD, já que tenho certeza que vou ficar com o MySQL mesmo... só que travei na duvida de como fazer o relacionamento das tabelas para o BD separar certinho o que é de cada empresa e usuários de cada empresa.
E como automatizar o processo do ADMIN Geral do Sistema para criar novas contas de empresas isoladas... separando tudo certinho no BD automaticamente

Preciso de umas dicas, links, toda ajuda é bem vinda

Agradeço aos que contribuirem e me ajudarem a aprender mais essa