Pesquisa em BD muito lenta

Sei que a forma mais rápida, é trabalhar diretamente no BD, porem, no meu caso não é possível, então apelei para uma aplicação. Meu caso é o seguinte: Numa dada tabela tenho um campo de tamanho 20 posições. As quatro primeiras forma o que chamamos de operacao, uma sequecencia de zeros, que não tem um tmanho exato(variável) e depois uma sequecencia de dígitos. Isso vai para os bancos q meu cliente trabalha. Acontece, que quando vem de um determinado banco(Itau), eles mandam apenas os últimos digitos apos a sequencia de zeros, em uma planilha que varia: Valores com: 6,7,8,9,10,11,12,13,14 dígitos. O meu cliente é leigo e eu não posso mndar um script para eles, para substring com 6,7,8..14 posições, para eles ficarem executando lá. Qdo vou lá eu faço isso e cobro por script, o que eles não querem mais. Aí fiz uma aplicação, mas está lenta demais. Veja o código quase completo(ainda falta o código da geração da planilha final) do aplicativo.

private void Execute()
{
string sql = ;
string temp = ;
string caminho = edtPath.Text;
string[] valor;
int tamanho = 0;
string contrato_temp = ;
string campo = ;

MySqlConnection conn = new MySqlConnection();
conn.ConnectionString = ConfigurationManager.ConnectionStrings[conexaoMysql].ConnectionString;

MySqlConnection conn1 = new MySqlConnection();
conn1.ConnectionString = ConfigurationManager.ConnectionStrings[conexaoMysql].ConnectionString;

MySqlCommand cmd = new MySqlCommand();

conn.Open();
conn1.Open();

DataTable tbl = new DataTable();
tbl.Columns.Add(Operacao, typeof(string));
tbl.Columns.Add(Contrato, typeof(string));
tbl.Columns.Add(Data de Vencimento, typeof(DateTime));
tbl.Columns.Add(Empresa, typeof(string));
tbl.Columns.Add(Status, typeof(string));
tbl.Columns.Add(Tipo de Envio, typeof(string));
tbl.Columns.Add(Data de Registro, typeof(DateTime));
tbl.Columns.Add(Data de Postagem, typeof(DateTime));
tbl.Columns.Add(Data de Retorno, typeof(DateTime));

sql = select contrato from temp_baixa_arquivo;

cmd.Connection = conn;
cmd.CommandText = sql;

MySqlDataReader dr = cmd.ExecuteReader();


tamanho = 17999;
int i = 0;
valor = new string[tamanho];

while (dr.Read()& i tamanho)
{
contrato_temp = dr[contrato].ToString();
valor[i] = contrato_temp;
i += 1;
}

//while (dr.Read())
for (int j = 0; j valor.Length; j++ )
{
campo = valor[j].ToString();

sql = select a.campo027 as Operacao,a.contrato, a.campo028 as Data_Contrato, CLS +
,a.dtreg as Data_Registro, a.dtreg as Data_Postagem,b.dtbaixa as Data_Retorno +
,b.TPOCO as Status,a.tipodocumento as Tipo_Envio +
from +
baixas b inner join arquivo a on(a.registro = b.registro) +
where +
a.contrato like % + campo + +
and a.codcli = 60 ;

MySqlCommand cmdTemp = new MySqlCommand();
cmdTemp.Connection = conn1;
cmdTemp.CommandText = sql;
MySqlDataReader drtemp = cmdTemp.ExecuteReader();

while (drtemp.Read())
{
string oper = drtemp[Operacao].ToString();
string contrat = campo;
string dt_contrat = drtemp[Data_Contrato].ToString();
string cls = drtemp[CLS].ToString();
string dt_reg = drtemp[Data_Registro].ToString();
string dt_post = drtemp[Data_Postagem].ToString();
string dt_ret = drtemp[Data_Retorno].ToString();
string status = drtemp[Status].ToString();
string envio = drtemp[Tipo_Envio].ToString();

DataRow lin = tbl.NewRow();
lin[Operacao] = oper;
lin[Contrato] = contrat;
lin[Data de Vencimento] = dt_contrat;
lin[Empresa] = CLS;
lin[Status] = status;
lin[Tipo de Envio] = envio;
lin[Data de Registro] = dt_reg;
lin[Data de Postagem] = dt_post;
lin[Data de Retorno] = dt_ret;
tbl.Rows.Add(lin);
}
drtemp.Dispose();
cmdTemp.Dispose();
}
dr.Dispose();
conn.Close();
} //Fim do Execute