Animações só acontecem com alguns elementos

Olá, no meu projeto tenho uma animação ao scroll, quando me aproximo do elemento ele "surge" de algum lado, porém por alguma razão somente alguns elementos do site estão funcionando 100%, outros, no inspecionar mostra que a classe ANIMATE já é adicionada no elemento assim que a página é carregada, e a mesma não é removida mesmo quando eu me aproximo e afasto do elemento.

Fazendo alguns testes vi que quando o elemento animado está fora do pai SECTION funciona normalmente, quando está dentro não (com exceção do primeiro elemento animado do site).

Fiz o upload do código para o JSFiddle, https://jsfiddle.net/kuxf7mep/ ,como pode ver o elemento ARTICLE na linha 101 está animado normalmente, porém os elementos HEADER da linha 147 e o MAIN da linha 152 estão com a animação mas não funcionam.

OBS: Podem fazer o teste colocando um elemento animado dentro e fora da section.