Application.CreateForm(TForm, Form) ou Form := TForm.Create(Application)

Da forma como apresentado não há diferença:

Application.CreateForm(TForm, Form) - cria um formulário, da classe TForm, associado à variável Form, cujo owner será o objeto Application.
Form := TForm.Create(Application) - cria um formulário, da classe TForm, associado à variável Form, cujo owner será o objeto Application.

usa-se TForm.Create() quando você quer indicar o owner do form. Se não precisa indicar o owner ou o mesmo pode ser Application, pode usar sempre Application.CreateForm().

Se você utilizar Application e não destruir o form manualmente, ele será destruído somente quando sair da aplicação, o que pode ocasionar memory leak ou apenas causar lentidão, por conta de manter em memória algo que não é mais utilizado.