asp mvc Certificado digital

Senhores preciso autenticar um usuário junto ao webservice da prefeitura mediante o uso de certificados (a1 e a3) para isso eu tenho uma rotina que chama o repositório de certificados do windows e disponibiliza para o usuário selecionar o certificado desejado, a grande questão é que isso so funciona (obviamente) no localhost, para contornar essa situação eu escrevi uma aplicação em c# porem essa não é a forma como eu gostaria de manter, gostaria que tudo estivesse na minha aplicação asp, estava pensando em fazer uso do capicom ou de alguma outra forma de obter essa lista de certificados do lado do cliente mas eu nao tenho ideia de como fazer, alguém que ja fez esse tipo de autenticação ou tem ideia de como resolver esse problema pode me ajudar com isso?
Abraços a todos