Cadastro em PHP e SQL

Gente é o seguinte estou desenvolvendo um sistema onde o usuário só poderá se cadastrar se ele estiver previamente autorizado a realizar este cadastro.
Ex:
e-mail - teste@teste.com.br
cnpj - 01 000 010 0001 01
senha - 123

Este cara só poderá ter seu cadastro salvo no banco de dados caso seu cnpj já esteja cadastrado, e esse cadastro do cnpj irá vir de um outro sistema via script.

Gostaria de saber como poderia fazer está validação?
Obs: um mesmo e-mail poderá ter diversos cadastros mas com CNPJ diferentes e da mesma forma o cnpj poderá ter diversos e-mail cadastrados.