Conjunto de caracteres

Estou desenvolvendo uma aplicação no NetBeans que começa lendo  um arquivo XML gerado com o JDOM. Dentro do Netbeans eu consigo executar bem a aplicação. Quando eu tento executar na linha de comando o jar da aplicação recebo um erro de caracter não reconhecido:

org.jdom.input.JDOMParseException: Error on line 1 of document file:/C:/NetBeans
/Workspace/DiarioFinanceiro/dist/xml/2010/Janeiro.xml: bad continuation of multi
-byte UTF-8 sequence (character code: 0x73)

Quando eu gravo o arquivo XML não especifico nenhum conjunto de caracteres:

FileWriter arquivo = new FileWriter(new File(nome.xml"));
org.jdom.output.Format formatXML = org.jdom.output.Format.getPrettyFormat();
xout.setFormat(formatXML);
xout.output(document, arquivo);

O arquivo XML tem o seguinte cabeçalho:


Tentei especificar o ISO-8859-1 no Format:
Format.getPrettyFormat().setEncoding("ISO-8859-1");
Mas aí piorou, não consegui ler nenhum acento.



Alguém sabe o que houve? Como resolver isso?