criptografia de muitos arquivos simutaneos

certa vez fiz o download de um programa de criptografia que liberava uma pasta contida dentro de seu diretorio de instalacao, que podia conter qualquer tipo de arquivo como fotos, videos, doc, pdf, qualquer uma extencao. quando mandava criptografar ele fazia com que o windows nao reconhece-se mais esta pasta... Qual tipo de tecnica pode ter sido utilizada? isso envolve o indice do windows? onde obter tais conhecimentos? :?: :?: