Decisões de Projeto

Ola membros da comunidade em um período de 6 meses li livros que ensinavam a programar PHP(ensinava até aplicar alguns padrões de projeto), Javascript, Jquery, HTML/CSS, bem posso dizer que adquiri um conhecimento básico/intermediário, porem estou tendo dificuldades em fazer uma integração inteligente entre todas as linguagens então resolvi postar algumas decisões de projetos que não consegui resolver:
1ª: A pagina index deve ser Puramente HTML/CSS ou em PHP Renderizando um HTML?
2ª: Devo ter 1 CSS para cada HTML (gerando código duplicado, já que todas as pagina estão utilizando uma mesma Moldura) ou um único arquivo CSS atendendo a todos os HTMLs gerando um arquivo CSS muito grande?
3ª: em certos momentos o sistema terá de substituir atributos de algumas tags dinamicamente (sem ter de apertar F5) então pensei em usar AJAX em um primeiro momento mas isso também é possível com PHP, então qual linguagem usar?
4ª: Devo ter um HTML para cada pagina ou gera-los com o PHP? (li uma vez que em arquivos separados o browser consegue armazena-los em cache, isso procede?).
5ª O site será dinâmico, melhor dizendo terá um sistema de cadastro e login, logo terá conteúdo (Botões, paginas) que só serão vistas depois do usuário logar e outro conteúdo (Botões/Paginas) que não serão vistas (Botão/Pagina de cadastro por exemplo), como poderei fazer isto?