dilema na recepção de retorno de remessa bancária...

Colegas estou em um dilema.
Tenho um sistema em que ele envia para um xxx banco a remessa de um determinado período dos clientes que tem que pagar alguma fatura.
O serviço de boleto bancário do banco funciona com o sistema de CNAB 400 colunas. Até aí beleza. O que acontece é quando o usuário do sistema seleciona um período e nesse período tem um ou mais clientes que tem mais de uma duplicata a pagar o sistema soma os valores das duas calculando o juros se houver e gera apenas um registro para posterior confecção do boleto pelo banco.
Quando o banco manda o arquivo retorno o meu sistema processa e faz a baixa automática, mediante a localização da identificação do título (nosso número). Só que agora está o problema, no título gerado com o valor de dois títulos virá somente em um registro, sendo que no sistema constará duas duplicatas em aberto. Eis a pergunta como contornar esta situação. Conto com a ajuda dos colegas de fórum.