Dúvida Melhor Prática ou Produto

Boa Tarde Pessoal.
Estou com uma dúvida em qual melhor das melhores pratica hoje para deixar o projeto mais profissional e de fácil manutenção para todos os desenvolvedores. Hoje onde trabalho a empresa possue uma ferramenta oracle chamada EBS, é um CRM da oracle. Essa ferramenta possue um modulo de relatorios chamado Oracle Discoverer, que por sinal é bem ruim, muito fraco e dificil de costumizar. Com a necessidade de relatórios mais diretos e objetivos, resolvemos criar na epoca uma ferramenta Web em Java, usando JSP + SERVLET. É um sistema bem simples, imaginem uma tela web com varios campos, combos etc etc, passamos os valores escolhidos para o servlet, montamos a query e executamos ela no banco do Oracle EBS, aguardamos o resultado e montamos na tela um grid com table para mostrar os dados para o usuário, bom nessa tela, tem paginação, export excel, pdf etc etc. Hoje basicamente é isso e claro o sistema possue um metodo de autenticação simples login/senha.
Hoje percebemos a necessidade de algo melhor, mais profissional, mais bonito, ter um padrão, uma separação de camadas, já que a ferramenta de provisório virou definitivo. Estava pensando em usar para VIEW o IceFaces 3.x, para CONTROLLER (JSF 2.0) e MODEL (JPA). Agora me surge a dúvida. No EBS temos varias tabelas, te query que chegamos a usar 20 tabelas nos JOINs pela complexidade do relatório, fazendo isso com JPA vai ficar muito dificil ou não? Poderia usar CRITERIA nos casos no qual monto a query de acordo com os dados da tela?
Precisava de uma ajuda de vocês, o que vcs acham, recomendam eu usar, qual seria o melhor caminho e mais profissional?
Desde já agradeço
Obrigado
Cristian