Dúvida update com paginação php

Seguinte galera, eu criei uma aplicação que conserta o Sintegra no meu banco de dados, lendo o espelho MFD das impressoras fiscais. Ela está funcionando perfeitamente, porém dá um erro de muitos loops de redirecionamento, mas se eu atualizo a página, ela continua de onde parou e finaliza numa boa.

O meu problema é que eu precisei criar uma forma de paginar o update das tabelas, que são muitos e eu faço com dois bancos de dados, por que eu gravo informações do espelho no banco Mysql e de lá eu passo as informações pro Firebird, onde gero o Sintegra.

Mas eu estou usando uma procedure que se eu rodar ela no periodo total(01-08-2010 a 30-06-2012), ela vai demorar demais para gerar e o php vai dar limite de tempo ultrapassado.
Eu gostaria de saber, se existe alguma forma de eu pausar o php, enquanto ele aguarda o retorno dessa procedure, para saber se ela finalizou?