Erro de conexão com o banco de dados

No meu sistema tenho um empreendController que está com mais de 5000 linhas onde eu faço muitos cálculos, gravo muitos resultados dos cálculos muitas vezes. Quando rodo uma vez estes cálculos não tenho problema. Em uma situação tenho que rodar 9 vezes estes cálculos para depois mandar os resultados para o form e apresentas ao usuário. Neste momento, dependendo do numero de interações no empreendController recebo um erro "Erro de conexão com o banco de dados". Não é sempre. Tentei colocar no início da minha public Function o set_time_limit(0); que diminuiu o número de vezes que dá o erro, mas continua dando algumas vezes. O controller fica rodando perto de 2 a 3 minutos antes de terminar a function para mandar os resultados para o form. Eu não uso o GitHub mas se você quiser ter uma ideia do meu programa, entre em www.http://www.resumecdc.com.br/ResumeCDC/ com o usuário "c"e senha "1" e entre em Empreendimentos e depois em Sensibilidade. Execute uma sensibilidade que vai dar para ter uma ideia do que estou falando. Se você escolher o terceiro empreendimento que tem poucas interações não vai apresentar problema mas se usar o primeiro empreendimento da lista vai ter o problema em algumas vezes que colcular a sensibilidade. Será que tem alguma forma de resolver este problema? Se precisar de todos os arquivos php posso mandá-los em um arquivo zipado. Muito obrigado.