Intranet *.jar

Ola! Sou novo no fórum e no mundo java.
Venho ate vcs para que se possível me tirem uma duvida.

Desenvolvi uma aplicação, essa aplicação se conecta com um banco de dados simples feito em Access mesmo.(ate ai nada de mais).
Só que essa aplicação vai ficar em um servidor no CPD de onde faço estagio da faculdade. É um aplicativo que vai ser preciso ser executado dos laboratórios de informática de lá, e ele vai esta em um servidor do CPD.
Minha idéia foi pegar o arquivo *.jar e deixar em uma pasta compartilhada no servidor, achei que ia dar certo, so que ao executar o arquivo no computador do cliente ele acha que é um arquivo *.zip e quer baixar ou abrir. Não deu certo, acho que é por causa do apache.
Minha duvida para vcs é a seguinte! Caso eu coloque uma maquina no CPD dedicada para essas aplicações *.jar sem o uso de apache ou IIS ou algo do tipo quando eu acessar os executáveis em Java vai dar certo?
Sei que tem muita gente que já deve ter pensando ao ler minha duvida o pq que eu não estou usando logo JEE, a resposta é pq ainda estou começando no JSE ainda não sei nada de tomcat JSP servlet e coisas do tipo.
Tem como eu executar o arquivo *.jar de uma maquina remota de um cliente?
Por favor eu ficaria agradecido pois isso é para ontem!
Obrigado a todos que leram ate aqui :)