Leitura de arquivo só funciona no NetBeans

Boa noite amigos, estou com um pequeno problema. Estou criando uma aplicação que baixa uma página da web na internet e a salva como html.
Tanto a classe que faz download quanto a que extrai os dados do documento html estão funcionando corretamente. A questão é que dentro do NetBeans a aplicação funciona perfeitamente, baixando, extraindo e mostrando todos os dados que solicitei. Mas quando dou duplo clique no JAR gerado, ou abro via cmd, ela só realiza o download, e a extração dos dados retorna valores vazios(0.0 e null). Estou usando Threads, elas também estão funcionando sem demais problemas. Outra coisa, não estou usando bibliotecas extras e já tentei colocar o arquivo a ser lido dentro do diretório /dist, e até colocar dentro do arquivo .JAR.

Se puderem ajudar, agradeço, pois é uma parte importante do meu TCC.

Grato.