Orientação a objeto Duvida

Vou tentar lhe responder de forma bem resumida,
caso tenha alguma duvida vai postando ai e vamos conversando.

*Crio uma class Program separada do resto de tudo?
- A class program é uma boa pratica ser isolada dor esto todo, mas pra frente se quiser estude o modelo MVC ele mostra como separar bem as classes com as suas finalidades ele é um modelo OO muito utilizado e requisitado no desenvolvimento.

*Metodos set e get fazem parte da classe program ou toda classe de objeto sem seus setter e getters??
- Metodos setters e getters fazem parte somente das classes, basicamente todas as classes devem ter seus métodos setters e gettes para acesso aos atributos, para ter controle do que pode ser alterado ou nao fora da calasse.

*Como funciona super class?
- Super classe nada mais é do que a classe pai da classe que vocês esta desenvolvendo, exempplo se eu tenho uma classe animal como pai e uma classe cachorro como filho ao chamar a super classe estou me referindo a classe Animal.

* importante fazer o encapsulamento?
- Na orientação objeto o encapsulamento é um dos pilares, então é importantíssimo fazer o encapsulamento o mais isolado possível. novamente usando o Exemplo de
Animais > Cachorro > Pequeno
Animais > Cachorro > Grande

Exemplo que estou te dando é somente para fins educativos, mas a Abstração e encapsulamento são fundamentais e devem ser bem planejado para um bom andamento de um sistema e para a manutenibilidade do código.