PADRÃO MVC

Só uma observação, no MVC você não tem 3 camadas e sim 3 componentes. Model, View e Controller não são camadas, são componentes e cada componente poderá conter quantas camadas você achar necessário.

A diferença entre deixa-los em 1 mesmo projeto ou em 3 projetos separados é a forma de comunicação entre eles. Se deixa-los juntos não terá problema algum, já que fariam parte da mesma aplicação (projeto ou pacote).

Já se separa-los, terá que encontrar uma forma de comunica-los, talvez via algum protocolo como HTTP (usando REST) ou SOAP. Tipo o conceito de micro serviços que atualmente tem sido explorado.
Mas como os componentes estariam em cenários diferentes, não sei se poderia dizer que ainda é MVC. Isso porque, O MVC é para separar uma aplicação em 3 componentes e não em 3 aplicações.