PHP - Problemas com set_include_path()

Encontro dificuldade em fazer com que um único arquivo de configuração (responsável pelo __autoload) possa ser utilizado tanto pelos arquivos que estão na raiz, quanto pelos que estão na pasta admin.

O diretório raiz contém as pastas app, public e admin. A pasta app contém o arquivo de configuração e os diretórios model, view e controller.

Na pasta admin quero manter uma estrutura semelhante, com uma pasta app, contendo diretório controller e view.

O intuito é fazer com que os arquivos dentro de admin/app/controller acessem as classes por meio do arquivo de configuração contido em raiz/app e este seja o único arquivo responsável por incluir as classes. Para isto, utilizei a inclusão das pastas raiz, raiz/app e raiz/app/model via set_include_path() (utilizo o XAMPP).

Pois bem, se o arquivo está que chama a classe se encontra na raiz, ou na raiz/app/controller, a classe é instanciada, mas nada funciona na raiz/admin, ou raiz/admin/app/controller.

Para vocês entenderem como eu estava fazendo, eu tinha um arquivo de configuração para cada pasta, bem como um app, munido de controller, model e view para cada aplicação (horrível para dar manutenção) e funcionava.