Qual a diferença entre o servidor windows e linux para programação em php?

Gostaria de entender as reais diferenças entre o servidor windows e linux para o desenvolvimento com php.

Pelo que me parece, o uso de php com linux parece ser mais 'nativo', enquanto que com windows parece sofrer algumas limitações.

Queria saber se há vantagem ou desvantagem em escolher qualquer desses servidores para trabalhar com a linguagem mencionada.