Tomcat rodando no eclipse método da aplicação funciona, quando rodando fora do eclipse não funciona

Boa noite pessoal, estou precisando de uma ajuda...

Estou quebrando a cabeça para tentar descobrir o porque um dos métodos da minha aplicação não funciona quando executo ele fora do eclipse.

Tenha uma sistema bem simples onde ao final do processo, ele envia uma arquivo para um FTP. Quando executo o processo com o tomcat startado no eclipse, funciona perfeitamente. Quando exporto o arquivo ".war" e inicio o tomcat através do services do Windows, todo o processo funciona, menos a parte que envio o arquivo para o FTP. Na verdade ele até envia o arquivo, mas manda corrompido.

Alguém já passou por isso, ou algo semelhante que possa me dar uma "luz" para tentar resolver esse problema?

Desde já agradeço.