Como fragmentação entre dois ou mais bancos no MySQL?

Olá, Roniek.
Acho que você se equivocou no termo usada. Fragmentação do MySQL é um conceito muito similar a fragmentação de Hard Disk em sistemas operacionais. Isso pode acontecer com os dados armazenados em tabelas de banco de dados e causar lentidão nas consultas.

Talvez o que você esteja buscando seja o conceito de escalabilidade horizontal ou vertical. A vertical é quando você aumenta o poder do seu servidor adicionando a ele mais hardware. A vertical é quando temos um software gerenciando a escalabilidade que é feita entre duas ou mais máquinas, o que parece ser o seu caso.

Eu particularmente nunca usei no MySQL a escalabilidade horizontal, mas tem um software gerenciador chamado MySQL Proxy - https://downloads.mysql.com/archives/proxy/ -
Aqui tem um artigo/tutorial falando sobre ele - http://nervinformatica.com.br/blog/index.php/2010/09/22/escalabilidade-com-mysql-proxy/